本院的研究式研究生课程旨在为学生提供高等的科学研究知识及全面的培训。课程着重培养学生的研究才能，同时让学生具有进行独立和原创研究的专业知识。
哲学硕士及哲学博士
理学院开办以下哲学硕士及哲学博士课程:
学院联合提供课程
学院联合提供课程
生命科学
生命科学部在多个研究领域上均有卓越的成就，包括癌症生物学、细胞生物学、发育生物学、神经科学和结构生物学。课程强调培养学生的专业知识，以进行生物科学领域的原创科研，並透過生物技術取得新發現。
学院联合提供课程
学院联合提供课程
海洋科学
海洋科学系在海洋科学研究和技术方面均处于领先地位。课程为学生提供专业知识，培训他们成为独当一面的专家，并在海洋技术领域进行独立研究，为社会作出贡献。
学院联合提供课程
物理
物理系追求世界认可的尖端研究和卓越的创新教育。作为一个拥有浓厚研究文化和多元研究领域学系，课程使学生能在创新的学习环境中发展自己的研究专业，同时亦为学生提供优越的跨学科研究机会。
联办哲学博士课程
除了哲学硕士和哲学博士学位外，本院还与其他合作伙伴提供联办课程，让学生有机会从科大与其合作伙伴的卓越研究中有所得着。